странная ситуация, вроде бы синхронизация высчитывается именно по датчикам положения валов, но если один из них показывает неверные сведения, то откуда информация, что синхронизация "по нулям"?
не могли слабо затянуть болты шестерни распредвала, случайно? Тогда после смены и замера был бы "0", а потом могло произойти и смещение