Колодцы работают (в направлении отвода воды) пока грунтовые воды низкие. А в паводок уровень грунтовых вод поднимается, так что вода в колодце тоже поднимется. И все дренажные трубки в подобный паводок тоже будут заполнены водой. Либо ждать, либо улучшать отток воды ниже по течению, либо снижать приток (поднимать грунт, вывозить снег зимой, ...)